Originaire de Carinaro près de Caserta (Italie), Crescenzio Sepe naît le 2 juin 1943. Il suit sa scolarité au petit séminaire d'Aversa puis étudie la philosophie au séminaire régional de Salerne et enfin la théologie au grand séminaire pontifical romain. Ordonné prêtre le 12 mars 1967, il obtient le doctorat en théologie et la licence en droit canonique à l'université du Latran et le doctorat en philosophie à l'université romaine La Sapienza. Il est tout d'abord enseignant à l'université du Latran puis à l'université Urbanienne. Au terme de sa formation à l'Académie pontificale ecclésiastique, en 1972, il entre au service diplomatique du Saint-Siège, d'abord au Brésil puis à la secrétairerie d'État, appelé par Mgr Giovanni Benelli à partir de 1975. Il est nommé assesseur pour les affaires générales en 1987.
Cinq ans plus tard, le 2 avril 1992, Jean-Paul II le nomme archevêque titulaire et secrétaire de la congrégation pour le clergé. Il organise en particulier les rencontres internationales des prêtres à Fatima et Yamoussoukro, mais aussi la célébration du jubilé sacerdotal de Jean-Paul II. Le 3 novembre 1997, il est nommé secrétaire général du comité et du conseil de présidence du grand Jubilé de l'An 2000 que préside alors le cardinal Roger Etchegaray. En mars 2001, il succède au cardinal Tomko comme préfet de la congrégation pour l'évangélisation des peuples. Il est créé cardinal par Jean-Paul II le 21 février 2001.