Janis Pujats naît le 14 novembre 1930 à Rezekne (Lettonie) au sein d'une famille d'agriculteurs de huit enfants dont trois deviendront prêtres. Au terme de ses études secondaires à Rezekne, il entre en 1948 au grand séminaire de Riga. Il est ordonné prêtre le 29 mars 1951 et s'investit dans le ministère pastoral, tout en enseignant l'art sacré et la liturgie au grand séminaire de Riga. Il introduit la réforme liturgique après le concile Vatican II. Il devient vicaire général du siège métropolitain de Riga (1979-1984). Mais sous la pression du régime communiste, il doit abandonner sa charge et revenir en paroisse. Après l'accession de son pays à l'indépendance, Jean-Paul II le nomme archevêque de Riga, le 8 mai 1991. Il y accueille le pape deux ans plus tard, en septembre 1993. Il est le deuxième cardinal nommé in pectore au consistoire du 21 février 1998 et dont le nom a été révélé par le pape à celui du 21 février 2001.