Né à Cracovie le 20 mai 1927, Franciszek Macharski travaille comme ouvrier pendant la guerre. Après des études au séminaire de Cracovie et à l'université Jagellon, il est ordonné prêtre le 2 avril 1950. Après quelques années de pastorale paroissiale, à Kozy, près de Bielsko-Biala, il vient poursuivre ses études à l'université de Fribourg (Suisse), où il obtient en 1960 un doctorat en théologie. Il est ensuite nommé père spirituel au grand séminaire de Cracovie, puis en 1970 supérieur, étant en outre secrétaire de la commission épiscopale pour l'apostolat des laïcs. Chanoine à la cathédrale du Wawel en 1977, Jean-Paul II l'appelle à lui succéder sur le siège de Cracovie le 29 décembre 1978. Il parle couramment, outre le polonais, le français, l'allemand, l'anglais et l'italien. Il est créé cardinal par le pape le 30 juin 1979.