José da Cruz Policarpo naît le 26 février 1936 à Pego (Portugal), dans la commune de Caldas da Rainha. Il étudie la philosophie et la théologie au grand séminaire du Christ Roi à Lisbonne. Il est ordonné prêtre le 15 août 1961. Continuant ses études à l'université Grégorienne à Rome, il présente sa thèse en théologie des religions non chrétiennes. Directeur du séminaire de Penafirme (1964-1966), recteur du séminaire d'Olivais (1970-1997), il préside la faculté de théologie de l'Université catholique portugaise (1974-1980 et 1985-1988) dont il devient le recteur pendant deux mandats de quatre ans (1988-1996). Il est nommé auxiliaire du Patriarche de Lisbonne en 1978 avant d'en devenir le coadjuteur le 27 mars 1997. Il succède au cardinal Antonio Ribeiro, décédé le 24 mars 1998. Il représente la conférence épiscopale du Portugal à la CCEE (conseil des conférences épiscopales européennes) et pendant six ans à la COMECE (commission des épiscopats des communautés européennes). Il est créé cardinal par Jean-Paul II le 21 février 2001.