Né le 23 octobre 1925 à Ererê, dans le diocèse de Limoeiro do Norte (Brésil), José Freire Falcao fait ses études à Russas puis à Fortalezza. Ordonné prêtre le 19 juin 1949, il est vicaire puis professeur au petit séminaire de son diocèse et aumônier de l'Action catholique. Nommé évêque coadjuteur de Limoeiro do Norte le 24 avril 1967, il assume le gouvernement du diocèse le 19 août de la même année. Puis il devient archevêque de Teresina le 25 novembre 1971, avant d'être transféré à Brasilia le 15 février 1984. Au sein de la conférence épiscopale, il est également à cette époque président du Mouvement d'éducation de base et membre du conseil permanent. Au sein du CELAM (la conférence épiscopale pour l'Amérique latine), il assume alors d'autres responsabilités notamment une vice-présidence ainsi que la charge de la section pour l'œcuménisme. Il participe aux conférences de Medellin (1968) et de Puebla (1979), et au synode des évêques à Rome en 1983. Jean-Paul II le crée cardinal le 28 juin 1988.