De parents d'origine allemande, Claudio Hummes naît le 8 août 1934 à Montenegro, dans le diocèse de Porto Alegre (Brésil), où il accomplit sa scolarité élémentaire avant de rejoindre le séminaire franciscain de Taquari (Rio Grande do Sul). Devenu franciscain, il étudie la philosophie à Garibaldi et la théologie à Divinópolis (Minas Gerais) où il est ordonné prêtre le 3 août 1958. Il continue son cursus universitaire à Rome de 1959 à 1963, par un doctorat en philosophie avec une thèse sur " le renouvellement des preuves traditionnelles de l'existence de Dieu dans L'Action de Maurice Blondel ". Il revient au Brésil comme professeur de philosophie au séminaire franciscain de Garibaldi, tout en ayant une activité en paroisse (1963-1968) et en étant conseiller pour l'œcuménisme à la Conférence nationale des évêques (1965-1968). Il passe une année à l'Institut œcuménique de Bossey près de Genève (Suisse) pour se spécialiser dans ce domaine.
De 1969 à 1972, il enseigne la philosophie à la faculté de Viamão et à Porto Alegre. De 1972 à 1975, il est le supérieur provincial des franciscains, pour le Rio Grande do Sul. Le 22 mars 1975, Paul VI le nomme évêque coadjuteur de Santo André, à São Paulo. Le 29 décembre suivant, il devient l'évêque diocésain, et le reste pendant vingt et un ans. C'est le 21 juillet 1996 qu'il est transféré à l'archevêché de Fortalezza (Ceará), et deux ans après qu'il devient archevêque métropolitain de São Paulo, le 23 mai 1998.
Responsable de la pastorale ouvrière, il défend les ouvriers à Santo André, soutient les syndicats et participe aux grèves. Devenu chargé de la famille et de la culture à la conférence épiscopale, il est aussi l'un des artisans de la rencontre mondiale des familles avec Jean-Paul II, à Rio de Janeiro en 1997. A São Paulo, il donne une impulsion à l'évangélisation de la ville, et développe la communication de l'Église. Jean-Paul II le crée cardinal le 21 février 2001.