Juan Sandoval Iñiguez naît le 28 mars 1933 à Yahualica, dans le diocèse de San Juan de Los Lagos, au Mexique, dans une famille catholique de douze enfants. Après des études au séminaire de Guadalajara, il part à Rome en 1952 poursuivre sa formation à l'université Grégorienne au cours de laquelle il obtient notamment un doctorat de théologie dogmatique. Il est ordonné prêtre le 27 octobre 1957. Il exerce alors son ministère durant de longues années au séminaire de Guadalajara : directeur spirituel (1961), puis préfet de discipline, puis préfet de la faculté de théologie et professeur, puis vice-recteur en septembre 1971, et enfin recteur en août 1980. Le 3 mars 1988, il est élu évêque coadjuteur de Ciudad Juárez, et le 11 juillet 1992, il devient évêque de ce diocèse. Le 21 avril 1994, il est nommé archevêque de Guadalajara. Il est nommé rapporteur au synode des évêques pour l'Amérique en 1997. Il est créé cardinal par Jean-Paul II le 26 novembre 1994.