Quatrième d'une famille de onze enfants, Juan Luis Cipriani Thorne naît à Lima (Pérou) le 28 décembre 1943. Durant son adolescence, il s'adonne au sport et participe à l'équipe national de basket-ball tout au long de sa formation d'ingénieur industriel à l'université nationale (1961-66). Il travaille ensuite à Lima (1967-68) puis à l'Institut rural Valle Grande de Cañete (1968-74). Membre -comme ses parents- de l'Opus Dei depuis 1962, il quitte alors son activité professionnelle pour étudier au séminaire international de l'Opus Dei à Rome et obtient son doctorat en théologie à l'université de Navarre (Espagne). Il est ordonné prêtre le 21 août 1977.
Il retourne à Lima pour s'engager dans la pastorale, et devient professeur de théologie morale à la faculté pontificale, directeur spirituel au séminaire de Lima (1981-83), aumônier et professeur de différentes écoles privées d'enseignement supérieur. Il est ensuite nommé vicaire régional de l'Opus Dei pour le Pérou et vice-chancelier de l'université de Piura (1986-88). Le 3 juillet 1988, Jean-Paul II le nomme évêque auxiliaire de Mgr Federico Richter, archevêque d'Ayacucho, à la démission duquel, le 31 mai 1991, il devient administrateur apostolique, puis le 13 mai 1995 archevêque du diocèse. Lors de la prise d'otages à l'ambassade du Japon (décembre 1996-avril 1997), il tente une médiation, mais l'histoire se termine tragiquement. Le 9 janvier 1999, il succède au cardinal Augusto Vargas Alzamora au siège primatial de Lima. Le 21 février 2001, Jean-Paul II fait de lui le premier cardinal membre de l'Opus Dei.