Né le 25 décembre 1933 près de Breslau (aujourd'hui Wroclaw en Pologne), Joachim Meisner entre au séminaire d'Erfurt et est ordonné prêtre le 22 décembre 1962. Vicaire à Heiligenstadt et à Erfurt, il est nommé directeur de la Caritas de ce diocèse. Le 17 mars 1975, il est nommé auxiliaire de l'administrateur apostolique d'Erfurt-Meiningen. En 1977, il est envoyé par la conférence épiscopale de Berlin au 4éme synode des évêques. Le 25 avril 1980, il est nommé à la mort du cardinal Bengsch à la tête du diocèse de Berlin, où il entend être un lien entre les deux zones de la ville: il réside à l'Est, mais gouverne aussi Berlin-Ouest, même si la plus grande partie du diocèse se trouve sur le territoire de la République Démocratique. En tant qu'évêque de Berlin, il fait partie en même temps de la conférence épiscopale allemande et de celle de Berlin dont il est le président (1982-1989), établissant ainsi un lien vivant entre ces deux organisations. Il est créé cardinal par Jean-Paul II le 2 février 1983.
Le 20 décembre 1988, il est promu archevêque de Cologne. Il est président délégué au synode des évêques pour l'Europe en 1999.