Le Conseil permanent est l’organisme qui reçoit délégation de l’assemblée plénière et devant laquelle il est responsable pour veiller à l’exécution des décisions prises par l’assemblée, assurer la continuité de l’action pastorale d’une assemblée à l’autre, régler les questions urgentes, préparer les sessions de l’assemblée. Il se réunit deux à trois jours par mois.

Le Comité études et projets a pour mission d'exercer une veille prospective et de proposer à l'assemblée plénière des thèmes de travail identifiés comme prioritaires. Il supervise les groupes de travail mis en place par l'assemblée plénière pour une durée variable. Ce Comité favorise une prise en compte transversale des questions.

Huit commissions épiscopales – comptant de 3 à 6 évêques - permettent à la Conférence d’exercer collectivement sa responsabilité pastorale dans les domaines qui relèvent du ministère épiscopal : Doctrine ; Liturgie et pastorale sacramentelle ; Catéchèse et catéchuménat ; Ministres ordonnés et laïcs en mission ecclésiale ; Vie consacrée ; Mission universelle de l'Église ; Mission de France ; Finances.

Neuf conseils – comptant des évêques, ainsi que des prêtres, religieux et/ou laïcs – couvrent les champs suivants : Questions canoniques ; Questions familiales et sociales ; Mouvements et associations de fidèles ; Pastorale des enfants et des jeunes ; Affaires économiques, sociales et juridiques ; Unité des chrétiens ; Relations avec le judaïsme ; Relations interreligieuses et nouveaux courants religieux ; Solidarité ; Communication.

Onze services nationaux, instances permanentes, ont pour mission de soutenir le travail des structures épiscopales et la vie des diocèses, par leur apport en expertise, réflexion, formation et animation.

Le secrétariat général est au service de la Conférence et relève directement de la présidence. A sa tête est placé un secrétaire général, secondé par des secrétaires généraux adjoints. Il est chargé de la coordination et de la liaison entre les divers services nationaux, notamment par le moyen de réunions régulières. Le secrétaire général et les secrétaires généraux adjoints assurent le secrétariat de l’Assemblée.